Got a response from GMK:
Das Problem ist uns bekannt und wird derzeit bearbeitet.
Wir arbeiten an einem Softwaretool, mit dem die Programmierung der UNIQEY-Tastatur endlich übersichtlicher wird.
Diese wird Anfang nächsten Jahres verfügbar sein und löst viele der aktuell bestehenden Probleme.
Ich hoffe das hilft dir schon mal weiter.
Translation: Problem is known, they are working on it. There will be a new softwaretool for programming the Uniqey. Tool will be available early next year.
Sounds good to me.