The thing to enter is a 'Name' from the Codes page of the docs, so for the shifts...
    unstrobed -PD1 LSHIFT
    unstrobed -PD2 RSHIFT
The matrix position is worked out from the code such that 00 is top-left, increasing along the first row until 07. Then the second row is from 08 to 0F. Then the 3rd and fourth rows are codes beginning with 1, and so on.
Again, just put a name in each position of the matrix. Many are obvious, so you won't even need to look them up in the Codes list, e.g. A, B, C,... 1, 2, 3, ... F1, F2, F3, ... 

So if you found that 00=A, 01=B, 02=C, ..., 07=H, then you would enter them in like this:
   sense         PB0         PB1      PB2         PB3      PB4      PB5         PB6         PB7
   strobe   PD7  A           B        C           D        E        F           G           H
To give another example, this is the config I made for my mini keyboard:
led caps -PC6
led scroll -PC7
matrix
    scanrate 1
    debounce 5
    sense           PB0         PB1 PB2         PB3 PD0 PD1         PD2         PD3
    strobe  PF0     ESC         2   4           5   7   9           MINUS       LCTRL
    strobe  PF1     1           3   UNASSIGNED  6   8   0           BACKSPACE   LGUI
    strobe  PF4     TAB         W   R           T   U   O           LEFT_BRACE  LALT
    strobe  PF5     Q           E   BACKSPACE   Y   I   P           RIGHT_BRACE UNASSIGNED
    strobe  PF6     CAPS_LOCK   S   F           G   J   L           ENTER       RALT
    strobe  PF7     A           D   SPACE       H   K   SEMICOLON   UNASSIGNED  MENU
    strobe  PB6     LSHIFT      Z   C           V   N   COMMA       FN2         RCTRL
    strobe  PB7     FN1         X   UNASSIGNED  B   M   PERIOD      RSHIFT      UNASSIGNED
end