Smasher816, nice write up! Thanks.
Xe0n0, elecrow.com(or other fusion PCB serivces like seeedstudio will also work) don't need BOM file to manufacture PCB, just send gerber files; plot/HHKB_controller_fusion_B140314.zip.
And order components at digikey(or mouser?) according to BOM.txt.
Use Japanese products to help our sinking economy if possible 
 like Panasonic or KOA for resistors, Murata or Taiyo Yuden for capacitor, Alps for switch and Hirose/JST for connector. They are reliable enough, I think.
EDIT: Bluetooth option of Rev.B is not confirmed at all yet, I have no time to do that.(And Rev.A has apparently a problem on power control.) If you want wireless connection you have to wait, but  both Rev.A and Rev.B are confirmed for USB.
Hi hasu,
Thanks for your information!
Just checked for fusion PCB service. It seems it will only produce the PCB board, and I have to soldering components by myself.
I try to figure out the all the material I have to buy and how to install them, so I combined the BOM.txt with material list generated by KiCAD. I post it here, just need some help to clarify some details.
USB-mini connector  1   Hirose UX60SC-MB-5ST                                J1  
Chip                1   ATMega32U4-AU           TQFP                        1   
Xtal                1   HC49 16MHz  SMT                                     X1  
Capacity            2   22p                     1608                        C5 C6   
Capacity            6   0.1u                    1608                        C3 C7 C8 C9 C10 C13 
Capacity            3   1u                      1608 +-10%                  C4 C11 C18  
Capacity            3   10u                     3216                        C1 C2 C14   
Capacity            1   22u                     3225 or 3528 or 3216        C12 
Capacity            1   47u                     3225 or 3528 or 3216        C15 
Resistor            2   ?R                      ?                           R17 R18 
Resistor            2   15k                     ?                           R9 R24  
Resistor            10  10K                     1608                        R1 R6 R7 R8 R11 R12 R15 R16 R22 R23 
Resistor            5   1K                      1608                        R4 R5 R10 R21 R25   
Resistor            2   ? R470                                              R13 R14 
Resistor            2   22                      1608                        R2 R3   
Resistor            1   0                                                   R19 
PPTC500mA           1   TYCO nano                                           PPTC1   
FET-PMOS            2                                                       Q4 Q5   
FET-NMOS            3   SOT23                                               Q1 Q2 Q3    
15pin connector     1   DF14A-15P-1.25H                                     CN1 
13pin connector     1   S13B-ZR-SM4A-TF                                     CN2 
LED                 9   2012                                                D1 D3 D4 D5 D6 D7 D8 D9 D10 
Diode Schottky      1   SOD123                                              D2  
Bluetooth           1   RN42                                                U5  
Lipo Charger        1   LTC4054                                             U4  
Lipo connector      1   JST PH2                                             P100    
3.3V Regulator      1   TAR5SB33                                            U2  
Inductor?           1   L100u                                               L1  
SW-PUSH             1   Alps SKHH or SKHL                                   SW1 
SW-SLIDE            1   DPDT                                                SW2 
5V Boost converter  1   HT7750A                                             U3  
Is resistor valued R and 15k also the type 1608? (Resistor valued R is not included in BOM.txt, so it will be embed in PCB board?)
Value of resistor on R19 is 0...And it's marked with "Resistor is not implemented", so I just ignored the slot?
What's the proper type of the inductor "L100u" on L1?
I try to check your photo on 
http://geekhack.org/index.php?topic=56494.0 for detail, but this picture is not clear enough...Do you have an updated an closer photo of the Rev.B board? It would be easier soldering with that.
PS: I contact a manufactor and they told me they can help do the SMD things if I provide BOM sheet with detail slot number. 
Again thanks!